自三江源国家公园体制试点以来，青海省通过强化自然资源综合执法管理体系、开展纵横双向联动自然资源综合执法活动、探索自然资源刑事司法和行政执法高效联动等举措，国家公园制度和法治建设步伐不断加快。
强化自然资源综合执法管理体系，解决自然资源执法监管“碎片化”问题，在三江源国家公园管理局内设执法监督处，加挂三江源国家公园森林公安局、三江源国家级自然保护区森林公安局两块牌子，在此基础之上，果洛藏族自治州玛多县和玉树藏族自治州杂多县、治多县、曲麻莱县整合国土执法、环境执法、草原监理、渔政执法等相关部门执法机构设立了资源环境综合执法机构，管理森林公安局和资源环境执法大队2个机构，国家公园范围内上下“三级”联动，归属清晰、权责明确、严格执法、监管有效的生态保护管理新体制全面形成。
开展纵横双向联合的自然资源综合执法活动，以三江源国家公园“三级”执法体系、三江源国家级自然保护区“二级”执法体系为支撑，对三江源国家公园及三江源国家级自然保护区的巡护、巡查和摸底，重点在三个园区开展持续性巡护执法专项行动，严厉打击各类破坏自然资源违法犯罪活动。截至2018年底，开展以打击破坏自然保护区自然资源和野生动植物资源为主题的各类专项行动15次。
并集中开展对三江源国家级自然保护区18个保护分区全区域范围巡护活动20余次，营造了良好的执法环境。
同时，三江源国家公园管理局与新疆阿尔金山保护区管理局、西藏羌塘保护区那曲和阿里两个管理分局、珠穆朗玛峰保护区管理局共同签订了《青新藏五大自然保护区生态环境保护协作备忘录》，制定了《青新藏五大自然保护区协作联盟章程》，建立跨省区长效管控和执法机制。同时，白扎、东仲、江西等保护分区森林公安派出所与西藏昌都市公安局鸟东派出所二级检查站形成联席会议制度，并签订了《平安边界联防合作协议》。还组建了警务机动队，探索建立突发事件、重大案件应急机制，提升生态环境执法的战斗力和影响力。
三江源国家公园森林公安局与青海省人民检察院侦查监督处建立联席会议制度，2017年以来，先后出台了《三江源国家公园生态保护行政执法与刑事司法衔接工作制度》等，且目前作为第一个生态法庭，三江源生态法庭在玉树市人民法院设立，为三江源国家公园生态环境保护提供了有力的司法保障。同时于去年还成立了三江源国家公园法治研究会，推动三江源国家公园法治建设又上新台阶。
