云南的社会组织发展也面临不少困难和问题。
价值认同上的错位，导致一些地方和部门，对社会组织的作用认识不到位，对政府职能和社会组织功能的界定不清晰，习惯于将社会组织视为“二政府”，越权安排行政工作，干涉社会组织内部事务。一些社会组织也习惯“傍大树好乘凉”，缺乏进取精神。
缺少职业、专业人才的瓶颈，限制了社会组织的壮大。云南省民政厅副厅长李国材说，现在社会组织一靠离退休人员，二靠刚毕业的大中专毕业生，队伍很不稳定。“每月2000元工资，上不了五险一金，怎么留得住人才?”云南爱咨家-艾滋病咨询服务中心主任赵娟说，艾滋病防治的社会组织专业性要求高，但目前别说专业人员，连业余人才都频繁流失。
扶持力度不够，使草根组织很难成长。在西方国家，社会组织的资金30%以上来自政府资助，而目前云南各级财政均未设立社会组织发展专项资金。民政部、财政部自2012年起设立“中央财政支持社会组织参与社会服务项目”，每年安排专项资金2亿元，覆盖范围有限。
税收、土地等优惠政策也有待落实。云南省携手困难群体创业服务中心主任魏建平介绍，作为民办非企业单位，中心只能靠个人和企业捐款，资金来源散、少且不稳定。2012年仅筹集70多万元，但支出达120万元。
服务和监管力量薄弱，是社会组织管理体制转型中的现实难题。李国材介绍，目前该省民政部门负责社会组织登记管理的专职人员不足。全省129个县市区只有2个区的民政局有专职登记人员，16个州市只有11个有专职登记人员。面对放开登记后即将大量涌现的社会组织，登记管理力量还不对称。没有技术、手段和力量，无法真正开展执法监管。
法律依据不足，是地方探索中的最大困惑。现行的社会组织管理法规，有些规定操作性不强，不适应新的形势，有些空白急需填补，导致社会组织准入门槛高、双重管理、资金扶持和税收优惠落实难、社会组织内部管理不规范、奖惩和退出机制不健全，阻碍了社会组织健康发展。
一套“组合拳”
在业内人士看来，云南的4个文件是一套“组合拳”。“培育扶持社会组织，前提是改革政府包揽社会治理的传统方式，推进政府职能转变。”秦光荣表示，总体原则是加大政府职能转移委托力度，向社会组织开放更多的公共资源和领域。
在社会组织培育和规范管理上，云南的思路是“放开登记、降低门槛、宽进严管”。除需依法审批政治法律类、宗教类社会组织外，其他类型的社会组织取消业务主管单位，直接向民政部门申请登记。降低准入门槛，放宽注册资金要求，取消“一业一会”限制，同时加强监管。
在政府向社会购买服务方面，云南将制定管理办法和购买目录;对重点培育的社会组织通过政府购买服务的方式，帮助解决资金来源问题;增加政府对社会公共服务的购买预算;合理放宽对购买对象条件的限制。
在促进公益慈善事业方面，云南省宣布，“政府退出公益慈善募捐市场，除发生重大灾害外，不再参与社会募捐”。同时，将建立公益慈善项目库，设立“云岭慈善奖”，给予国家政策法规范围内最大的税收优惠。□