2013年3月10日，时任国务委员兼国务院秘书长马凯在十二届全国人大一次会议上作《关于国务院机构改革和职能转变方案的说明》时，强调要加强国务院改革方案的组织实施，并抓紧完善有关组织立法。我们以为，这是本届国务院在总结经验基础上提出的一项重要的任务，也是依法保障新一轮国务院机构改革和职能转变的关键举措。其中，修改《国务院组织法》和相关法规的工作应抓紧进行。
1982年五届全国人大五次会议审议通过的《国务院组织法》实施三十多年来，在规范国务院领导体制、组织机构、领导人员编制，促进国务院机构编制法治建设方面起到了应有的作用，但随着国务院机构改革和职能转变的深入进行，其中有些规定已经不能适应体制改革的需要，亟待修改。
例如，《国务院组织法》关于国务院机构设置的规定已不符合实际情况。一是范围不明确。《国务院组织法》只规定国务院办公厅、组成部门、直属机构和办事机构四类；但根据2013年国务院机构改革和职能转变方案和相关“三定”规定，国务院机构设置，除国务院办公厅外，包括国务院组成部门、国务院直属特设机构、国务院直属机构、国务院办事机构、国务院直属事业单位、国务院组成部门管理的国家局和国务院议事协调机构，而根据 1997年《国务院行政机构设置和编制管理条例》，国务院行政机构分为国务院办公厅、国务院组成部门、国务院直属机构、国务院办事机构、国务院组成部门管理的国家局和国务院议事协调机构六类。二是名称不规范。如国务院办公厅管理的国家信访局和国家安全生产监督管理总局管理的国家煤矿安全监察局属于“部委管理的国家局”，而国务院办公厅、国家安全生产监督管理总局不是部委；而且“部委管理的国家局”与“组成部门管理的国家局”的提法不一致。三是法律地位不确定。从目前情况看，国务院办公厅、国务院组成部门、国务院直属机构、国务院办事机构的设置有宪法或《国务院组织法》的依据，而国务院直属特设机构国资委、国务院组成部门管理的国家局、国务院议事协调机构，虽经全国人大审议批准或国务院会议审议批准设置，但《国务院组织法》未明确规范。因此，需要修改《国务院组织法》，确立国务院组成部门管理的国家局、国务院议事协调机构的法律地位，并将2008年《企业国有资产法》中确立的国务院直属特设机构国资委单独列出，在修改《国务院组织法》时予以确认。
国务院会议的职责、频次和程序也需要法定化。根据《宪法》和《国务院组织法》，国务院在实行总理负责制的同时，还实行法定的会议制度，包括全体会议和常务会议，讨论决定国务院工作中的重大或重要问题，但《国务院组织法》仅作了原则规定。《国务院工作规则》规定了全体会议和常务会议的组成、职责任务和频次等，但它是行政规范性文件，主要适用于一届政府，而且经多次修改。这也需要通过修改《国务院组织法》，依法明确规定国务院会议的职责、频次和程序。
1998年国务院机构改革时，国务院领导就曾提出要修改《国务院组织法》，将国务院机构设置、职能法定化。1999年7月31日国务院第六次常务会议审议并原则通过了《国务院组织法》修订草案。会议决定，《国务院组织法》修订草案经进一步修改后提交全国人大常委会审议。但有不同意见认为，宪法规定国务院可以自己决定部门职权划分，如果法定化以后，国务院要改革就要改组织法。最后，修订草案没能提交全国人大常委会审议修改。
我们认为，随着国务院机构改革的深入进行和法治政府的全面建设，国务院的组织、职能和领导体制，应遵循“组织法定”的原则。国务院应抓紧向全国人大常委会提交议案，启动《国务院组织法》修改程序，并适时修改《国务院行政机构设置和编制管理条例》，确认国务院新的机构组织类别，吸收《国务院工作规则》的新内容、国务院机构改革和职能转变的新成果，同时，在“三定”规定和部门管理条例试点基础上，逐步推出部门组织立法。