四、职务犯罪侦查权的完善
侦查章修改的主要意图有二:一是完善各项侦查手段、提高打击犯罪的能力;二是增强侦查讯问程序的规范性，严防刑讯逼供。
从前一方面来看，新刑事诉讼法延长了传唤、拘传的时间、新设了指定居所的监视居住，增加了询问证人的地点、增加了强制采样作为人身检查的一个子类、扩充了“查冻扣”的对象范围;特别是授予了检察机关办理自侦案件过程中决定采取技侦手段的权力(但无执行权)，这些都有助于解决长期以来自侦案件侦查手段受限的实际困难。
从另一方面来看，严格规范侦查讯问程序的相关修改也给自侦案件的办理带来新的挑战:拘留或逮捕后应当立即送看守所羁押，至迟不得超过24小时;讯问必须在看守所内进行等，这些规定都对自侦部门侦查讯问的合法性提出了更高的要求。
五、证据制度中的职权变化
新刑诉法第49条规定，公诉案件中被告人有罪的举证责任由人民检察院承担，从而明确了检察机关公诉案件的举证责任。
非法证据排除与检察机关关系亦极为密切。在侦查、审查起诉时发现有应当排除的证据的，应依法排除，不得作为起诉意见、起诉决定的依据。另外赋予了对非法证据的调查核实权。非法证据的庭审调查由检察机关承担证据收集合法性的证明责任，证明的手段应结合“两个证据规定”的内容。
第62条规定了危害国家安全犯罪、恐怖活动犯罪、黑社会性质组织犯罪、毒品犯罪四种案件的证人保护，在该条条文之后还有“等”字，对于检察机关而言，所要予以重点探讨的是在查办职务犯罪中哪些案件、什么情形需要证人保护，以及如何保护的问题。
六、公诉制度的修改
公诉程序主要有两点修改，一是把没有犯罪事实作为法定不起诉的情形之一，两次补充侦查仍然证据不足，人民检察院应当作出不起诉的决定;二是提起公诉须将案件材料、证据材料移送法院。